پس از دو دهه تلاش مستمر و گسترده ، گفتمان علم و فناوری کشور، همچنان از یک حلقه مفقودۀ مهم رنج می‌برد و آن خلاء، وجود یک نظام «پایش و ارزیابی علم و فناوری»  است. علیرغم تلاش های بسیار صورت گرفته ، ایران فاقد نظام یکپارچه ی پایش و ارزیابی در حوزه های مختلف ، به خصوص حوزه ی پژوهش ، فناوری و نوآوری است.

عدم وجود نظام جامع پایش و ارزیابی منجر به :

Ø       شناخت ناکافی سیاستگذاران کشور از وضعیت موجود کشور

Ø      عدم یادگیری سیاستگذاران از چرایی شکست یا موفقیت سیاستهای قبلی که نهایتاً موجب عدم طراحی ابزارهای مداخلۀ درست در حوزه علم و فناوری می شود.

Ø      محرومیت ایران از اتصال به شبکه­های ارزیابی مهم جهانی

Ø      شبکه نبودن نهاد های متولی و سیاستگذار که منجر به عملکرد منفعلانه، جزیره ای می شود

Ø      ناسازگاری ،ناهماهنگی میان نهاد های درگیر در طراحی و پیاده سازی سیاست ها

Ø      تشابه اهداف و ابهام در تعریف وظایف و اختیارات که منجر به موازی کاری و گاهی کارهای متناقض می گردد

در همین راستا دبیرخانه ی شورای عالی عتف ، با تاسیس ستاد یکپارچه ی نظام پایش و ارزیابی درصددپیگیری و رفع بخشی از مشکلات و چالش های این نظام است.

اهدافی که این ستاد دنبال می کند :

Ø      سازگاری ،هماهنگی و هم افزایی میان نهاد های درگیر در تمام مراحل از سیاست گذاری تا اجرا و اقدام

Ø      سرعت بخشیدن به رشد علم و فناوری کشور

Ø      ارائه توان ملی در تولید اطلاعات علم و فناوری و پاسخ به نیازمندیهای متقاضیان علم و فناوری

Ø      مشارکت فعالانه همه ذی‌نفعان و دست‌اندرکاران در استقرار نظام پایش و ارزیابی علم و فناوری

Ø      شناسایی و شفاف‌سازی مسایل نهادی نظام پایش علم فناوری و نوآوری

Ø      راه حل‌یابی و شناخت و تبیین پیش‌زمینه‌ها و بسترهای لازم برای پیاده‌سازی و اجرای راه حل‌ها توسط نهادهای مسئول

Ø      گفتمان‌سازی و ارتقای مفاهیم پایش و ارزیابی علم و فناوری در میان متولیان و سیاستگذاران این حوزه